Olá David
Pelo que estou entendendo, a biblioteca que você se refere é o painel Swatches (Amostras), correto?
Bem, há uma certa confusão neste processo de arraste, pode ser o seu caso. Se você seleciona, por exemplo, um quadrado, e arrasta ele para dentro do painel Swatches, na verdade o Illustrator não salva uma cor sólida, e sim um padrão (pattern). Bem, gradientes não suportam a adição de padrões, por isso, não são mostrados como opção de escolha pelo painel Gradient.
Tente fazer o seguinte:
Ao selecionar um elemento preenchido com uma cor sólida, não o arraste diretamente para dentro do painel Swatches. Ao invés disso, clique sobre o botão New (Novo) no rodapé daquele painel (cujo ícone é uma folha com a pontinha dobrada). A cor será salva como uma cor sólida.
Outra solução é acessar o menu do painel Swatches e escolher a opção Add Used Color (Adicionar cores usadas). Assim, as cores que não estão no painel ainda são adicionadas automaticamente. E neste caso, a cor entra como uma cor global, que tem vínculo com o elemento (mas isso já é um outro assunto).
Veja se estas explicações resolvem seu problema.
Um grande abraço
Gustavo.
