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WSHはWindowsのwscript.exe（もしくはcscript.exe）が実行するのに対し、InDesignのスクリプトパレットから 実行するのはAdobe独自のエンジン（ExtendScript.dll か Support for Visual Basic.apln か、それ以外のdllかな？）が実行するため、WSHと同じ動作は期待できません。
作成したスクリプトをエクスプローラで開いて実行（つまりwscript.exeで実行）して問題がないものを、スクリプトパレットから実行してエラ ーが出るというのであれば、それはAdobe独自のエンジンではサポートしていないということになると思います。