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遅レスですが、クリップボードのデータは、仮フレームを生成してそこに一度ペーストしてから、テキストオブジェクトを取り込んで処理するとうまくいき ますよ。

tmpFrm = app.activeWindow.activeSpread.textFrames.add(); //仮フレーム生成
app.select(tmpFrm.insertionPoints[0]); //仮フレームにiビーム(インサーションポイント)を設定する。
//クリップボードデータを正常に読み込めない場合のためのエラー処理
try{
app.paste();
}catch(e){
alert("クリップボードの内容を取り込めませんでした。");
}
str = tmpFrm.parentStory.contents; //ペーストしたテキストデータを読み込む
tmpFrm.remove(); //仮フレームの削除

以上でstrにテキストデータがストアされます。