こんにちは。
toFixed()もsubstr()もJavaScriptのメソッドです。
ゆえにExpressionのリファレンスには掲載されていないのでしょう。（←未確認）
つまり、「time.toFixed(3).substr(-2)」は、
timeを、小数点以下３桁の文字列に変換し、その文字列の後ろから２文字を抜き出す
‥‥という事です。
timeはご存知の通り、小数点以下がいくつも連なる数値です。その数値を整形して、末尾２文字を取り出しているのですネ。
追記：
ネットで調べる時は、
JavaScript toFixed
JavaScript substr
‥‥で検索してみてください。すぐに見つかるはずです。
＞Adobe様
‥‥でも、この例文。期待した結果になります？
「順番に時間、分、秒、ミリ秒を計算してテキストとして表示」とありますけど。
小数点3桁で四捨五入した末尾２文字は、果たしてミリ秒と呼べるの？
実際に例文をExpressionにペーストしても、１フレーム進むごとに「00」「33」「67」の繰り返しになっちゃいますよ。（30fpsの場 合）
ストップウォッチ的な表示だと、time.toFixed(2).substr(-2); だと思うんですけど。
もしくは1/1000秒＝ミリということで、time.toFixed(3).substr(-3); とか。（でも普通は2桁にしますよネ）
