Acrobatでのレイヤー対応は6.0以降のはずですが、作成機能ではなく表示という感じでしょうか。7.1.0のヘルプでも「Acrobat ではレイヤーを作成することはできません」とあります。
InDesignやIllustratoといったツールならレイヤー付きPDFを作成できるみたいですね。
> ノンブルのないページにデザイン化されたノンブルを付加するなど
[透かしと背景の追加]で背景として設定することで、似たことが可能になりませんか?
ただ、この手法だとファイル容量が増える傾向にありますが。
一旦PostScriptファイルとして保存し、Distillerで再PDF化すればファイル容量は軽減されるでしょう。
以下はAcrobat 9向けですが、「PDFファイルからレイヤーを作成」という説明項目があります。
プリフライト以下に「PDFレイヤーを作成」というカテゴリーがあるようです。知らなかった!
Adobe - Acrobat 9 tutorial : レイヤーを使った作業
http://www.adobe.com/jp/designcenter/acrobat/articles/lrvid4082_a9.html
Acrobat 9のヘルプには「レイヤーの取り込み」という項がありますね。
ナビゲーションパネルのレイヤー以下にあるオプションメニュー [レイヤーとして取り込み]から出来るようで。
Acrobat 9 Pro * レイヤー
http://help.adobe.com/ja_JP/Acrobat/9.0/Professional/WS26911E4D-D64D-434a-8811-9CB5C577BAB2.html
「PDF または画像ファイルから対象の PDF にレイヤーを取り込むことができます。サポートされている画像ファイル形式は、BMP、GIF、JPEG、JPEG2000、PCX、PNG、TIFF です。」