Acrobat 7.1.0 Proなら以下の要領でできないだろうか?
[名前を付けて保存]で、「ファイルの種類:PostScript」を選ぶ。
さらに[設定]ボタン以下で、カラー設定で「色:コンポジット」「プロファイル:Black&White」にして、Postscriptファイルとして保存する。
あとはDistillerで再変換。
カラー文書を上記手段でやると白色以外は真っ黒になる。当然だが。
さらにもう一方法。
PDFをAcrobatで開いて、印刷ダイアログの一番下にある[白黒2値印刷 (図面用)]をチェックし、印刷先を[Adobe PDF]にしても同様のものになるだろう。ただし、その他の細かい設定はPostScript経由に比べると出来ないかもしれない。
両方試してみて、差を確かめてみては?
> スキャナでグレースケールで取り込み
この時点に戻って、読み込みのやり直しをするとかは?
> 白黒2階調に
PhotoShopや同種機能をもつソフトにやってもらうのがいいかも。