私の環境はWindows XP, FrameMaker7.0ですが、列が欠落するという現象はないようです(他の特殊ペーストでも)。
ただし、取り込もうとするExcelのセルの幅が大きくて取り込み先のFrameMakerのテキスト枠のサイズを超えていると、貼り付けた際にアンカー枠がテキスト枠からはみ出すので、見た目には切れているように見えますが、そういうことではないですよね?
>マクロが含まれているというメッセージが表示されますが
マクロで何を記述されているのか解らないので、正確なことは言えませんが直接は関係がないように思います。
もちろん、マクロを削除してから貼り付けるという方法も試してみる価値はあるかもしれません。
新しいExcelファイルでダミーデータを作って貼り付けてみて問題がなければ、そのExcelファイル固有の原因かと思います。
また、Excelファイルとリンクさせておく必要があるのでしたら仕方がありませんが、
「ファイル」->「取り込み」->「ファイル」でExcelファイルを指定してFrameMakerの表として取り込むという手もあります。
このほうが後でFrameMaker上で編集が可能なので自由度は高いと思います。