>どちらか一方しか使えないのでしょうか?
そんなことは無いと思います。
文字書式を設定するときに、他の項目
例えば、
斜体の設定をするときに、文字書式の中にある「太さ」なども一緒に設定されていませんか?
文字書式には一通りの項目があるのですが、変更したくない部分は設定を「そのまま」にしてみてください。
また、複数の文字書式を同時に使用することも可能です。ただし、文字書式の「文字タグ:」の表示のところは最後に設定した文字書式が表示されているようです。
斜体のみ、強調のみ、斜体+強調など、必要な項目のみ設定してみてください。
私の環境はFrameMaker7.0ですが、基本的には同じだと思います。