gackt様
tpsと申します。
当方でも、以前IllustratorとFMの組み合わせでCK二色刷りの印刷物を作成したことがあり、同様の問題にぶつかりました。残念ながら解決策はないようです。結局、すべてillustratorで作り直しました。
マニュアルを当たると、数行ですが.eps上のオーバープリントは反映できない旨の記述もあります。Illとは同じAdobeファミリーながら、どうも代々「できない」路線に変更はないようです。
そちらのデータも、作り直しの効くものであればいいのですが。頑張って下さい。