### FM7の環境にAcrobat6を入れるとPDFが正しく作成できなくなります。(Distller5.0.5を削除します)
FrameMakerについては無知なので勘違いもあるかもしれませんが。
アプリケーションのAcrobat6.0をインストールすると、旧バージョンは削除するようになっています。よって、上記動作は当然といえます。
下記サポート情報(ReadMe)によると、Acrobat6.0 → FrameMakerの順番でインストールせよとあります。
以下は抜粋なので、全文はリンク先で確認してください。
文書番号 : 222798
[ ReadMe ] トラブルシューティング( Windows 版 Acrobat 6.0 Professional / Standard )
http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?222798+002
・Acrobat 6.0 および PageMaker / FrameMaker のカスタマ向けの情報
Acrobat 6.0 のインストールは、PageMaker や FrameMaker のインストールの前に行う必要があります。PageMaker 7.0 や FrameMaker 7.0 に付属する Acrobat Distiller をインストールしないでください。また、PageMaker 7 や FrameMaker 7 で Acrobat 6.0 を使用する前に、PageMaker 7 や FrameMaker 7 のドットリリースを含む最新のバージョンがインストールされていることを確認してください。