CS4でAiデータを作成し、CCで同じデータを開いたところいじっていないのに、
文字入れをしたところが変に改行されていて、デザインが崩れていました。
CS4とCCではこういうことはありえるのでしょうか?
他の箇所は変にはなっていませんでした。
上位のバージョンで開いた場合にも、互換性が完全でない場合はあります。不具合の場合もありますし、仕様変更によって再現できないものであったり、完全上位互換になるようにしていない(同じ表 現になるように内部で変換したり、旧バージョンの仕組みを新しい仕組みと同時に持たせて、由来するバージョンの仕組みで表示・操作するようにする)ということもあります。
文字のオブジェクトはバージョン違いで互換性が維持しきれないことが多い代表的な機能の一つで、特にエリア内テキストの改行位置が動く現象は、たいへんよくあります(うれしくないです……)。 リフローという言葉で検索してみて下さい。
個別のケースについては具体的な例があれば検証できますので、興味がありましたらまた質問して下さい。