質問というか、このようなことが起きました、という報告のようなものですが、下記の不思議な現象が起きました。
<環境>
・MacOS10.8.4
・IllustratorCS4
システムに付属のHelveticaNeue.dfontを使用したデータをPDFに保存したら、文字が全部□になってしまいました。
↓AICS4上

↓PDF上

IllustratorCS4上ではアウトライン化しても特に問題はなく、AIからのPDF保存でだけこうなります。
CS5,CS6では大丈夫だし、Lion(10.7)のHelveticaNeueではなりませんでした。
またPDF上で□になってる部分をテキスト選択してコピーし、エディタなどにペーストするとちゃんと文字が出てくるので、文字情報は持っているようです。
とても不思議です。
普段の仕事ではdfontは使用しないのですが、いくつか偶然が重なってこんな事態になってしまいました。
10.8上でCS4というのはあまり推奨されない環境かもしれませんが、お気を付けください…。