Indesign cc に6月からしたところ、ファイルの保存拡張子が毎回異なる。更新前までは毎回「idnn]「idml」「indd」で保存したもののうち、

通常の「保存」では「idml」形式で書き出したりすることはできませんので、「保存」ではなく「パッケージ」を実行されていませんか？

また、InDesign CCを導入後、CC 2014にアップデートされていませんか？

InDesign CC 2014では「パッケージ」の実行時に、idmlファイルとPDFも一緒にパッケージをするようになりました。

パッケージのオプション実行時、赤枠で囲んだ部分でidmlファイルとPDFの保存をするかどうか指定できます。