このトラブルは、アンインストーラが削除し残すファイルが原因のようです。
上にも書きましたが、私の場合、「Acrobat」や「Acrobat 6.0」という名前のフォルダの中にあるReader関連のフォルダやファイルをすべて削除した後、6.0.1を再インストールしたところ、正常に起動するようにりました。
ただし、Reader以外のAcrobat製品をインストールしている場合、「Acrobat」や「Acrobat 6.0」というフォルダには、Reader以外のAcrobat製品のシステムファイルも含まれているので、要注意です。自信がなければ、やめておいた方が無難だと思います。
もし、今すぐPDFファイルを開く必要があるなら、とりあえず、Acrobat Reader5.1をインストールしてみては。私の場合、6.0がトラブルの最中に5.0(5.1だったかも)をインストールしたところ、動きました。
5.1は下記のページからダウンロードできます。
http://www.adobe.co.jp/products/acrobat/alternate.html
(このページには6.0もありますが、これは6.0.1です。)
それにしても、このトピック、なぜeBook Readerのカテゴリに入っているんでしょうね?